Как оказалось - вчерашний способ запуска сайта сработал только наполовину. Т.е. в режиме "или сканер или сайт". Хотелось, конечно же, и то и то :)
Но сегодня я его все-таки добил :) Оказалось, что достаточно было запустить application pool сайта в классическом режиме не меняя файл
web.config - и все сразу заработало. Так что если кто будет переезжать на IIS7 и столкнется с разными проблемами - попробуйте сначала сделать именно это. Авось поможет :)